Очень интересные лекции @[1087585110:2048:Konstantin Severinov] по life science. Спасибо за организацию @[553229549:2048:Александр Плющев]. Про устройство ДНК “на пальцах”, процесс секвенирования, как работает ПЦР, механизм репликации и т.д. Если интересуетесь – не пропустите. Местами может быть сложно, но в основном все довольно популярно. Я давно увлекаюсь этой темой, и не ожидал ничего нового в еще одной лекции на тему, но уже три часа прошло, не могу отлипнуть. По ссылке – первая, остальные гуглите
Рубрика: science
AI in Focus: A Compelling Report | 10 июня 2021 года, 00:17
Хороший репортаж про AI. Хорошо сделали, местами прямо очень интересно. Хотя я не новичок в теме, и все искал, к чему там придраться.
Two Fantastic Lectures: Music and Eye-Opening Insights! | 29 мая 2021 года, 01:57
Две хорошие лекции. В этом посте – про музыку, в следующем – про глаз.
Эта лекция очень веселая и познавательная. Особенно ее вторая часть, про Вагнера и его отношение к жизни. Анна очень зажигательно рассказывает, не оторваться. Очень советую.
Внутри атомов — Вселенная в miniature | 27 апреля 2021 года, 15:01
Вот будет прикольно, если лет через нцать учёные заглянут в недра элементарных частиц и внутри каждой обнаружат Млечный путь и солнечную систему в частности, с тем же состоянием.
И вопрос бесконечности вселенной решится сам собой
Загадка ДНК: ошибка в истории открытия | 14 апреля 2021 года, 22:46
Очень интересная история с открытием ДНК. На мой взгляд, это самый крупный прорыв человечества за вообще все время вместе с редактированием генома и CRISPR (вторым пунктом после всего этого я бы поставил открытие антибиотиков, но речь сейчас не об этом). Так вот, за открытием двойной спирали ДНК стоят, как известно, Уотсон и Крик. Фактически, эти ребята заняли место между Эйнштейном и Ньютоном по важности и влиянию, что было оценено в 1962 году Нобелевским комитетом.
И вот 15 лет назад Уотсон решает наступить на сколькую тему неравенства рас. Его слова “Вся наша социальная политика основана на факте, что их интеллект такой же, как наш. Хотя все исследования показывают, что это не так” взорвали научную общественность. Он сразу стал персоной “с душком” и его сразу стали вычеркивать из всего, во что так старательно вписывали десятки лет.
Затем он почти извинился (“я не мог такого ляпнуть”), но для очередного документального фильма на PBS, он опять встал на прежние рельсы: “Есть определенная разница между белыми и черными, если смотреть на IQ-тесты. Я бы сказал, что эта разница – генетическая”. Товарищ также прошелся по теме оправдания антисемитизма, отмочил еще сексистских комментариев про женщин, что они менее эффективные и не особо шарят в математике. Например, на форуме в Дублине он заявил “Думаю, когда вокруг много женщин, мужчинам намного веселее, только, пожалуй, работать они начинают хуже”.
Ну ладно, в его преклонные годы (сейчас ему 93) можно многое объяснить Альцгеймером.
Так вот, его везде повыгоняли, и Уотсон решился продать свою нобелевскую медаль на аукционе, чтобы поднять немного денег “на науку”. Правда, он тогда заявлял, что неплохо бы еще купить картинку Дэвида Хокни. Медаль он выставил на аукционе, и ее купил, как оказалось, Алишер Усманов, за 4 млн долларов. Я что-то пропустил это в свое время.
Затем Усманов пригласил Уотсона в Москву, где тот прочитал, в свои 90, лекцию в Академии Наук. https://www.youtube.com/watch?v=ciegWByNyPg Интересно послушать, положил в закладки. Там дурацкий перевод, а на английском я ее не нашел.
Отдельно интересно почитать было про его открытие, за что он, собственно, и получил “нобелевку”. Их открытие было построено на изучении данных, собранных другими учеными. Эти другие тоже вписаны в итоге в первооткрывателей, но все-таки дотянуть тему до конца они не сумели. В частности, некоторые из наиболее важных подсказок для структуры ДНК пришли от Розалинд Франклин, женщины биохимика, работавшей тогда в лаборатории физика Мориса Уилкинса. Ее рентгенограммы подсказали Уотсону и Крику, как в действительности устроена ДНК. Важную роль в этом открытии сыграла знаменитая «фотография 51» — удивительно чёткая рентгенограмма дифракционной картины ДНК, созданная Франклин и её аспирантом. Увидев дифракционную картину на изображении от Франклин, Уотсон сразу предположил, что молекула ДНК имеет спиральную двухцепочечную структуру, и опубликовал об этом статью.
Так вот, эти данные Уотсон и Крик по-тихому украли у Франклин. Ну, то есть, формально не крали, так как ни изображение, ни отчет конфиденциальными не были, но как еще назвать взятие данных без разрешения и дальнейших отсылок на источник. К 1962 году, когда они получили нобелевку, Франклин уже четыре года как умерла, а, как известно, Нобелевские премии не присуждаются посмертно. Умерла она от рака, почти наверняка спровоцированного постоянным рентгеновским облучением, с которым она имела дело.
До 1948 года женщинам не выдавали дипломы. Поэтому выпускница Кембриджа Розалинда Франклин не могла претендовать на карьерный рост, и, видимо, Уотсон и Крик не очень ее за серьезного ученого держали. Например, сам Уотсон в своей книге “Двойная спираль” ее характеризует как “недалекую, замкнутую, необщительную от природы женщину и — что, кажется, особенно раздражало его — чуть ли не вызывающе непривлекательную. Он допускал, что она «была недурна собой и могла бы выглядеть довольно шикарно, прояви она каплю интереса к одежде», но здесь она не оправдывала никаких надежд. Она даже не
пользовалась губной помадой, удивлялся он, хотя в одежде «полностью демонстрировала вкус, присущий английским инфантильным “синим чулкам”» – это я цитирую уже Билла Брайсона, “Краткая история почти всего на свете”. Хорошая книжка, почитайте (https://batrachos.com/sites/default/files/pictures/Books/Brayson_2013_Kratkaya%20istoriya%20pochti%20vsego%20na%20svete.pdf). Он там еще пишет, что в 1968 году издательство «Гарвард юниверсити пресс» отказалось
печатать «Двойную спираль», после того как Крик и Уилкинс высказали недовольство характеристиками упоминавшихся там лиц, которые Лайза Жарден назвала «необоснованно оскорбительными». Цитируемые выше описания приводятся в выражениях, употреблявшихся Уотсоном после того, как он смягчил свои замечания.”
Яды Водовозова: Ошеломляющий факт о стрекающих клетках медуз | 28 октября 2020 года, 01:00
Слушаю лекцию про яды Водовозова. Он упомянул стрекающие клетки медуз. Поискал про них работы.
Интересный факт нашел. Работа по ссылке из поста утверждает, что микросъемка показала, что ускорение стрекающей нити – до 5410000g – то есть, она ускоряется до 100 км/ч на расстоянии в диаметр человеческого волоса.
https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(06)01422-9
https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(06)01422-9
Молекулярная биология: Новый взгляд на старые знания? | 17 октября 2020 года, 15:36
Очень интересная лекция по молекулярной биологии. Во многом дублирует школьный курс, но гораздо интереснее и понятнее. С одной стороны, вроде особо ничего нового для себя не услышал, но хорошо чувствуется, что вещи лучше склеиваются в голове после хорошей подачи.
Довод: от научных основ до кинематографического искусства | 06 октября 2020 года, 19:18
Интересная лекция про научные основы фильма “Довод” https://www.youtube.com/watch?v=AXNbFowWaPI
Deciphering the Code of Life: Genes, Genome, and the Pursuit of Mortality | 02 октября 2020 года, 10:37
Интересная лекция от Елены Судариковой @[100001842553860:2048:Elena Sudarikova] про молекулярную биологию – гены, геном, клеточный апоптоз, ну и как все это связано с процессом старения и, в итоге, смерти организма. Очень интересно, хорошо и понятно рассказывает. Очень рекомендую.
«Магия» в биологии: как вирусы и клетки программированы на извлечение максимального результата из минимума информации? | 14 сентября 2020 года, 00:45
По ссылке – шикарная лекция про вирусы от Евгении Лазаревой @[1040949013:2048:Lazareva Evgenya]
Eсли лень смотреть всю и посмотреть только кусок в тему, про которую пишу ниже, то гляньте на https://youtu.be/0BfpdUkGXgA?t=1025 – про то, как вирус умудряется кодировать 4 гена на суперкороткой кольцевой ДНК. Особо программистам будет интересно.
У этого вируса гепатита В одна из цепей (в кольце) еще и короче другой (у короткой 1700-2800 нуклеотидов) – там всего 3200 нуклеотидов. И вот эта “программа” кодирует четыре гена (которые кодируют 4 белка: HBsAg, HBcAg, полимеразу и белок-регулятор экспрессии генов). Так вот, там тупо не помещается информация для 4 генов на первый взгляд. И знаете, как они вышли из положения? Чтение одной и той же последовательности происходит шестью различными конфигурациями “плавающего окна” считывания. То есть, грубо говоря, один и тот же “бит” участвует в шести “байтах” одновременно.
Сапольски в своих лекциях говорил, что результат интерпретации этой программы дает разные результаты при разном состоянии клетки. Я тогда начал активно гуглить и нарвался на интересный тред на реддите, где описано как органзим понимает, как по одной и той же программе сделать разные клетки для разных тканей организма:
https://www.reddit.com/r/askscience/comments/irxncu/how_does_a_cell_know_what_to_become_if_they_all/
Есть ферменты, которые подавляют или наоборот акивируют гены своим присутствием во время работы полимеразы, то есть, во время чтения и интерпретации “программы”. Эти ферменты могут появляться из внешней среды (например, от мамы у еще неродившегося ребенка или вырабатываться организмом), а могут быть плодом этой же самой программы. Но вообще снос башки заключается в том, что программа, управляемая этими ферментами, может создавать ферменты, которые будут управлять механизмом на следующем цикле, который создаст тоже фермент, который будет управлять на следующем цикле, где и создастся белок. Это часть процесса, который называется “эпитаз”, а такие гены – генами-суппрессорами или генами-ингибиторами. Если интересны примеры, почитайте https://en.wikipedia.org/wiki/Epistasis (англ), там много примеров.
Механизм создания различных изоформ белка из одной и той же “программы” называется альтернативным сплайсингом. Например, организм человека синтезирует не менее чем 100000 различных белков, в то время как число кодирующих их генов примерно 20000. То есть, ингибирование одного из компонентов при наличии сотни остальных дает уже новый белок.
Сапольский рассказывал в лекциях еще то, что эти ферменты-ингибиторы должны при делении клетки попасть в дочерние в прежних концентрациях, а это вероятностный процесс. Если число ферментов в дочерней клетке будет недостаточно для того, чтобы подавить какой-то ген при экспрессии, она начнет плодить не то, что надо, и разовьется какая-то серьезная проблема. Но этого в норме не происходит, потому что есть механизмы исправления ошибок – клетки, в которых оказалось что-то не так, уничтожаются.
Прикиньте, к чему может привести одна ошибка в неудачном месте генома? То есть, механизм, построенный в существенной части на вероятностях и на “балансе чемодана на острие иглы”, оказался очень надежным, если есть много времени на отладку и понятные флуктуации среды. Тоже программистам будет интересно.
Понятно, что чтобы все это заработало, почти невозможно придумать для того дизайн “специально”. Как мы сейчас это представляем, методом “проб и ошибок”: однажды создавшись случайно (на своем первом уровне сложности), а дальше просто выжил в каких-то удобных условиях и помер в 99.9999(9)% неудобных, а 99.9999(9)% вообще не нашли удобных и померли как “вид” не достигнув “цели”, и мы теперь думаем, что это для них механизм был создан эволюцией специально для таких-то условий. Нет, просто организмов очень-очень много, условий еще больше, поколения у простейших организмов у них сменяются быстро, а в запасе было 3-4 миллиарда лет. То есть, программирование методом тыка работает отлично, когда торопиться некуда, а в твоем распоряжении бесконечные ресурсы
Но выглядит как мейджик, ей богу.
P.S. О чем еще писать в ФБ с утра через 5 минут после просыпания.
Being in America 